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在作物种质资源的研究和利用中，各种作物品种的数量都很多。对品种进行科学的分类是十分重要的。作物品种分类的系统很多，需要根据研究和利用的内容和目的而确定。
（一）依据播种时间对作物品种分类
如玉米可分成春玉米、夏玉米和秋玉米，小麦可分成冬小麦和春小麦，水稻可分成早稻、中稻和晚稻，大豆可分成春大豆、夏大豆、秋大豆和冬大豆等。这种分类还与品种的光照长短反应有关。
（二）依据品种的来源分类
如分为国内品种和国外品种，国外品种还可按原产国家分类，国内品种还可按原产省份分类。
（三）依据品种的生态区（生态型）分类
在一个国家或省范围内，根据该作物分布区气候、土壤、栽培条件等地理生态条件的不同，划分为若干栽培区，或称生态区。同一生态区的品种，尽管形态上相差很大，但它们的生态特性基本一致，故为一种生态型。如我国小麦分为十大麦区，即十大生态类型。
（四）依据产品的用途分类
如小麦品种分强筋型、中筋型、弱筋型，玉米品种分粮用型、饲用型、油用型，高粱品种分食用型、糖用型、帚用型等等。
（五）以穗部形态为主要依据分类
如我国高粱品种分为紧穗型、散穗型、侧散型，我国北方冬麦区小麦品种分为通常型、圆颖多花型、拟密穗型等等。
（六）结合生理、生态、生化和农艺性状综合分类
以水稻为例，我国科学家丁颖提出，程侃声、王象坤等修订的我国水稻4级分类系统：第一级分籼、粳；第二级分水、陆；第三级分早、中、晚；第四级分黏、糯。
包括粮食作物、经济作物（油料作物、蔬菜作物、嗜好作物）、工业原料作物、饲料作物，药用作物等
粮食作物以水稻、豆类、薯类、青稞、蚕豆、小麦为主要作物；经济作物以油籽、蔓青、大芥、胡麻、大麻、向日葵等为主；蔬菜作物主要有萝卜、白菜、芹菜、韭菜、蒜、葱、胡萝卜、菜瓜、莲花菜、菊芋、刀豆、芫荽、莴笋、黄花、辣椒、黄瓜、西红柿等；果类有梨、苹果、桃、杏、核桃、李子、樱桃、草莓、林檎等品种，野生果类有酸梨、野杏、毛桃、苞瑙、山樱桃、沙棘、草莓等。饲料作物如玉米、绿肥、紫云英。嗜好作物如烟草、咖啡，药用作物人参、当归、金银花
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