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伽利略的活动引起了历史上臭名昭著的宗教裁判所的注意，于是在1616年宗教裁判所把伽利略传到罗马进行审讯，宣布伽利略的《天体运行论》为禁书，迫使伽利略声明放弃哥白尼学说，使伽利略受到了深重的打击。
热爱科学、追求科学真理的伽利略并没就此止步不前，就在对彗星又进行了新的观测和研究之后，他采取了一种更加隐蔽的方式。1632年在佛罗伦萨出版了伽利略写的《关于托勒密和哥白尼两大世界体系的对话》(简称为《对话》)，书中只有三个人，分别代表伽利略、托勒密和哥白尼，他们在4天的时间里以对话的形式讨论了哥白尼的日心说和托勒密的地心说。由于写作方式非常巧妙、隐蔽，这本书竟然通过了罗马教会的审查，得以正式出版发行，这不能不说是伽利略在斗争策略上取得的一次胜利。
在《对话》这本书里，伽利略用大量的科学事实论证了日心说的合理性，批驳了地心说的荒谬性。这本书形式新颖独特，语言生动活泼，是科学史上的一部杰作，因此受到了人们的热烈欢迎。当教会的神学家对这本书的真正意图搞清之后，他们便更加恼羞成怒。1632年8月，罗马宗教裁判所宣布禁止出售《对话》，教皇命令组成一个专门委员会对伽利略进行审查，让体弱多病的伽利略立即到罗马接受宗教裁判所的审讯。在严酷的审讯和刑法的折磨下，风烛残年的伽利略被迫违心地在法庭上当众表示忏悔，并在判决书上签字，就在签字之际，伽利略曾喃喃地说：“不管怎样，地球依然在转动。”伽利略最后被判终身监禁。即使在这样恶劣的条件下，仍然没有熄灭燃烧在伽利略心中的那一簇科学圣火。由于朋友的帮助，他又陆续发表了一些著作和论文，其中最重要的是1638年出版的《关于两门新科学的讨论和数学证明》一书。1642年1月8日，伽利略的生命之火熄灭在他的终身监禁地。
然而，真理是挡不住的，伽利略对自然科学的贡献为世人所公认，他追求真理的精神也为后人所仰慕，300多年后的1979年，罗马教皇出面为伽利略沉冤昭雪，标志着科学的伟大胜利。
在当时看来，伽利略微弱的呼声被狂热的宗教所吞没，但是真理不在于人数的多寡。
哥白尼提出的“日心说”，有力地打破了长期以来居于宗教统治地位的“地心说”，实现了天文学的根本变革。
通常认为完整的日心说宇宙模型是由波兰天文学家哥白尼在1543年发表的《天体运行论》中提出的，实际上在西方公元前300多年的阿里斯塔克和赫拉克里特就已经提到过太阳是宇宙的中心，地球围绕太阳运动。
坚实的大地是运动的这一点在古代是令人非常难以接受的，而另一方面托勒密的地心说体系可以很好的和当时的观测数据相吻合，因此即使在《天球运行论》出版以后的半个多世纪里，日心说仍然很少受到人们的关注，支持者更是非常稀少。
这里必须指出的一点是，近代以来关于罗马梵蒂冈的地心说和哥白尼的日心说的斗争是被严重夸大的。布鲁诺1600年遭受的火刑，并非因为他支持日心说，而是因为他的反神论等的令宗教恼火的反宗教思想。
事实上，直到1609年伽利略发明了天文望远镜，并以此发现了一些可以支持日心说的新的天文现象后，日心说才开始引起人们的关注。这些天文现象主要是指：木卫体系的发现直接说明了地球不是唯一中心，金星满盈的发现也暴露了托勒密体系的错误。
然而，由于哥白尼的日心说所得的数据和托勒密体系的数据都不能与第谷的观测相吻合，因此日心说此时仍不具优势。直至开普勒以椭圆轨道取代圆形轨道修正了日心说之后，日心说在于地心哥白尼提出的“日心说”，有力地打破了长期以来居于宗教统治地位的“地心说”，实现了天文学的根本变革。
通常认为完整的日心说宇宙模型是由波兰天文学家哥白尼在1543年发表的《天体运行论》中提出的，实际上在西方公元前300多年的阿里斯塔克和赫拉克里特就已经提到过太阳是宇宙的中心，地球围绕太阳运动。
坚实的大地是运动的这一点在古代是令人非常难以接受的，而另一方面托勒密的地心说体系可以很好的和当时的观测数据相吻合，因此即使在《天球运行论》出版以后的半个多世纪里，日心说仍然很少受到人们的关注，支持者更是非常稀少。
这里必须指出的一点是，近代以来关于罗马梵蒂冈的地心说和哥白尼的日心说的斗争是被严重夸大的。布鲁诺1600年遭受的火刑，并非因为他支持日心说，而是因为他的反神论等的令宗教恼火的反宗教思想。
事实上，直到1609年伽利略发明了天文望远镜，并以此发现了一些可以支持日心说的新的天文现象后，日心说才开始引起人们的关注。这些天文现象主要是指：木卫体系的发现直接说明了地球不是唯一中心，金星满盈的发现也暴露了托勒密体系的错误。
然而，由于哥白尼的日心说所得的数据和托勒密体系的数据都不能与第谷的观测相吻合，因此日心说此时仍不具优势。直至开普勒以椭圆轨道取代圆形轨道修正了日心说之后，日心说在于地心说的竞争中才取得了真正的胜利。说的竞争中才取得了真正的胜利。
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