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1.物理过滤法：
物理过滤法又称为机械过滤法，是利用抽水马达、管路、过滤器、滤网、过滤棉、软水树脂等，来滤除水中的悬浮微粒、残饵排泄物、杂质等，来达到水质的净化。
过滤滤材有：
软水树脂——阳离子交换树脂可有效吸收水中钙、镁等阳离子，达到及时软化水质的功能。在软水树脂的作用之下，可长期维持一个软水、低PH值的水质条件。适合：七彩神仙、灯鱼、短鲷、门鱼等。
过滤棉——直接利用过滤棉细致交错的孔隙，将水中的杂质、悬浮微粒滤除，使用过一段时间的滤棉，上面会沉积许多的杂质，过滤效果降低，需要更换。饲养孔雀鱼适合。
2.化学过滤法：
化学过滤法是利用化学处理系统的吸附作用或是氧化作用，将已溶于水中的有机氮化合物、磷酸盐类、碳酸钙
离子、碳酸镁离子、色、异味等去除的各种过滤法，此种方法以不能再回复的方式除去水中的有害物质，来达 到水质净化的效果。可配合的过滤器材有：
活性碳——吸收水中的残留氯，去除异味及吸附水中悬浮物质，还可以去除水中褐**物质。
麦饭石——除毒净水麦饭石具有独特的吸附有害物质及溶出矿物质双效功能。可吸除排泄物、残饵、土壤中分解出的氨、亚硝酸盐、重金属等有毒物质，更有除臭、稳定PH值、软化水质等功效，可适用于淡 水及海水缸。
吸氨石——是天然环保材料，多种沸石组成，可快速吸附水中的铍离子、硝酸离子、亚硝酸离子，达到去除有毒性的氨、亚硝酸盐、硝酸盐的目的，并具有恒定水中酸碱值的功效。
防藻清水树脂——化学性滤材，它是一种吸附树脂，是专门为水族箱的过滤系统所研发的先进滤材，可去除水中的有害硝酸盐、亚硝酸盐及磷酸盐，还可以抑制藻类的生长，并使其渐渐的死亡，造就洁净、 健康的水质。
防藻生化棉——化学性滤材，将防藻清水树脂合成于生化棉中，有清除水中亚硝酸盐、硝酸盐及预防藻类等功效。
3.微生物过滤法：
利用微生物过滤滤材的表面或孔隙让微生物附着在其上，形成生物膜，以进行微生物分解作用，此生物膜的菌种即为压厌氧性脱氮细菌及硝化细菌。在无氧的情况下，脱氮细菌，可将硝酸盐还原成氮气，经由过滤系统逸散到大气中，而硝化细菌可将氮氧化，转换成硝酸盐，成为水草能够利用的养分。水族箱中如果没有硝化细菌的存在，必然会面临到氨、亚硝酸盐含量提高的危险，如果水中含有跑题的硝化细菌，不断分解水中的氨、亚硝酸盐，减少氨、亚硝酸盐对鱼只及水草的毒害，使鱼安稳地生活在水中，水族箱的生态系统才可确保。
硝化细菌是好氧性细菌，它是在有氧的环境下生长，此类细菌包括形态各异有杆菌、球菌、螺旋菌等，这些细菌均可行硝化作用。硝化细菌包含两个不同的代谢群：一个是亚硝酸菌属（NITROSOMONAS)为经氧化作用将氨转化成亚硝酸的细菌类。二是硝酸菌属（Nirtobacter)为将亚硝酸氧化再转化成硝酸的细菌类，二者增多属于绝对性的自营性细菌。
光合成细菌可在水中以行光合作用作为能量来源，利用氨行光合作用，其体内因含有叶绿素及类胡萝卜素因而呈现淡粉红色。光合成细菌可在受污染的水域中生存，担任净化水质的角色，但无法在无光有氧的环境下发挥其功能。光合成细菌可将水中有机质及有毒物质加以吸收利用，使得异营性微生物因缺乏营养转为弱势种，因而降低产生有毒物质的机会，同时底砂中的有毒物质也得以分解净化，促进水中生物的生长。
可应用的滤材有：
生物培菌棉片——孔隙最多不会阻塞，可持续培养硝化细菌，适合好氧性细菌，不受空间限制，切割方便，可根据自己的需要任意改变外型尺寸。
生物培菌棉块——表面积是一般过滤棉的3到5倍，适合好氧性细菌培养，网状包装，可任意地改变刑状。
滴流培菌球——适合配合滴流式过滤器，以塑胶骨架提供最大的表面积，无方向性摆置，可阻止水流急速滑落，可同时培养好氧，厌氧性细菌。
四合一培菌球——集合增氧作用，生物过滤作用、氧化作用、还原作用于一球，结合培菌球及过滤棉块，具有增加容氧量及交换二氧化碳的作用，可同时培养好氧、丈氧细菌，达到净化水质的功能。
机械贝培菌球——具I字型导流沟构造，可创造最高的表面积，防止因重叠所造成的黑死区，可同时培养好氧、厌氧细菌。
呼吸玻璃生物环——是采用天然的矽酸盐高温烧制而成，孔隙空间十分细致，适合微生物的附着，表面积大，附着量也相对的提高许多，进行微生物过滤的效果十分良好。同时，渗透性高，是一般同型滤材的八倍，可同时培养厌氧、好氧性细菌。
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